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HiC数据分析实战之Hic-pro
Hic-pro 软件 Hic-pro安装比较麻烦，我就不重复写了，大家仔细查看第3讲：流程及软件 。 很明显，前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在： source activate hic /home/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/bin 所以软件挪了地方： /data/training/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/HiC-Pro/bin/HiC-Pro --help 然后我们这一讲的重点是 Hic-pro软件的使用。 cat /data/training/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/HiC-Pro/config-hicpro.txt mkdir -p
6.4K21发布于 2018-08-06 - 来自专栏生信修炼手册
HiC-Pro实战详解
HiC-Pro软件非常灵活，不仅可以处理各种不同建库方式的Hi-C数据，也可以处理capture Hi-C数据。 /configure make make install # HiC-Pro wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz tar xzvf v2.11.1.tar.gz cd HiC-Pro-2.11.1 make configure make install 安装好之后，需要准备以下几种参考物种的相关文件 1. HindIII_resfrag_hg19.bed LIGATION_SITE = AAGCTAGCTT 对于这个测试文件，只需要编辑bowtie2索引所在目录就可以了，编辑好之后直接运行，用法如下 HiC-Pro 输出结果目录如下 |-- bowtie_results |-- config_test_latest.txt |-- hic_results |-- logs |-- rawdata -> /HiC-Pro
2.7K10发布于 2019-12-19 - 来自专栏雨过天晴
HiC Pro 环境配置及使用
HiC Pro 是一组基因组分析套件，可提供 HiC 相关的分析。配置运行时环境Python 环境 和 Docker 环境 二选一即可。 .tar.gz# 根据 HiC Pro 项目中的配置文件创建一个全新的环境conda env create -f HiC-Pro-3.1.0/environment.yml# 激活 HiC-Pro Python name 代表 docker 运行时名称；-v 代表挂载目录（可挂载多个路径）；nservant/hicpro 代表镜像名称；/HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro 代表 HiC Pro Pro 程序参数：/HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro -c /data/E234/config-hicpro.txt -o analysis -i /data/E234/dataHic 如果是 Docker 环境: /HiC-Pro_3.1.0 (注意 3.1.0 为软件版本，后续可能改变，可通过 ls 查看根目录下判断得出具体目录)/HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro
1.9K00编辑于 2022-10-30 - 来自专栏雨过天晴
HiC Pro 环境配置及使用
HiC Pro 是一组基因组分析套件，可提供 HiC 相关的分析。 配置运行时环境 Python 环境 和 Docker 环境 二选一即可。 HiC-Pro Python 环境 conda activate HiC-Pro_v3.1.0 # 可选，AWS Ubuntu 需要安装 apt install g++ unzip # 生成配置， ；—name 代表 docker 运行时名称；-v 代表挂载目录（可挂载多个路径）； nservant/hicpro 代表镜像名称； /HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro 代表 HiC Pro 可执行文件的文件路径；其后相关参数，均为 Hic Pro 程序的参数。 Pro 程序参数： /HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro -c /data/E234/config-hicpro.txt -o analysis -i /data/E234/data
1K30编辑于 2022-11-23 - 来自专栏生信修炼手册
HiC-Pro:灵活的Hi-C数据处理软件
HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件，提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能，运行效率高，用法简便。 HiC-Pro的一个强大功能在于可以构建单倍型级别的Hi-C图谱，单倍型级别的Hi-C图谱有助于更加精细化理解基因组三维结构，进一步对基因调控等功能进行深入细致的研究。 序列比对 HiC-Pro采用了两步比对的策略，如下所示 ? HIC-Pro还提供了一系列的质控标准，如下图所示 ? 一个高质量的文库绝大部分肯定都能够比对上基因组，如图A所示， R1和R2的比对率都很高。 HiC-Pro所有的参数都放置在一个配置文件中，既可以一键化运行整个pipeline, 也可以分布运行，单独执行其中的某几步，灵活性很强，后续会介绍其详细用法。
2.4K20发布于 2019-12-20 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
HiChIP 数据分析: 用HiC-Pro预处理原始数据
用HiC-Pro预处理原始数据 HiC-Pro 是用于处理 Hi-C 数据的 pipeline，它从测序 reads（FASTQ 文件）开始，执行多个步骤，如 alignment、filtering、binning Input HiC-Pro 要求原始测序文件被组织在每个样本的子目录中。 就像 restriction fragment 文件一样，HiC-Pro 的安装文件夹里提供了一个预编译的配置文件，名为 config-hic-pro.txt。 对于 alignment 步骤（-s mapping），我们使用如下命令： HiC-Pro=/home/Programs/HiC-Pro-2.11.1/bin/HiC-Pro $HiC-Pro -c config-HiChIP.txt -i fastq -o HiC_Pro -s mapping -s quality_checks 这些命令会创建名为 HiC_Pro/ 的输出文件夹，其中比对结果位于
47410编辑于 2025-09-17 - 来自专栏生信技能树
HiC数据分析实战（一）
有些软件不在conda里面，需要自行查看软件说明书文档，主要是： https://bitbucket.org/mirnylab/hiclib https://github.com/nservant/HiC-Pro cd HiC-Pro/ which bowtie2 which R which samtools which python cat config-install.txt mkdir /home/zengjianming /home/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/bin/HiC-Pro -h 这样如果输出了帮助文档，说明安装成功哦。 Hic-pro教程 其说明书完全不逊于hiclib，详见：http://nservant.github.io/HiC-Pro 大体上看就6个步骤，比对、过滤HiC比对结果、检测有效HiC序列、结果合并、 而行使这些不同功能只需要更改参数即可： [-s|--step ANALYSIS_STEP] : run only a subset of the HiC-Pro workflow; if not specified
7.2K53发布于 2018-08-06 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
HiChIP 数据分析: 过滤及Peak Calling
比对结果过滤 过滤步骤将配置文件和每个 mate 的最终合并 BAM 文件作为输入，并使用以下命令执行 reads 配对并将其分配到限制片段（-s proc_hic）： $HiC-Pro -c config-HiChIP.txt -i HiC_Pro/bowtie_results/bwt2 -o HiC_Pro -s proc_hic -s quality_checks 其中 -s quality_checks 保存与该第二步相关的统计和诊断图 该命令在 hic_results/ 文件夹内生成一个 data/ 子文件夹，其中包含所有有效相互作用产物的坐标（.allValidPairs 文件）。 由于 HiC-Pro 执行配置文件中定义的所有过滤，因此可以使用一组修改后的过滤器重新运行过滤步骤。 首先，read pairs 根据其比对和配对情况进行过滤。
27410编辑于 2025-09-17 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
HiChIP 数据分析: 鉴定 Loops
hichipper 的输入是 HiC-Pro 的输出文件夹，其中包含已比对且有效的 read pairs 坐标文件。 样本描述文件必须包含三个变量： ChIP-Seq peak 文件，或指示如何直接从 HiChIP 数据中推断 peaks 用于 HiC-Pro 的 restriction fragment 坐标文件 HiC-Pro 并假设 hichipper 从 $WORKDIR 运行： peaks: - ChIP_peaks/Rad21_peaks.noBL.narrowPeak resfrags: - /Programs/HiC-Pro _2.11.1/annotation/DpnII_resfrag_hg19.bed hicpro_output: - HiC_Pro 这份 manifest 文件（Rad21.yaml）可用于两份未经处理的 “Mapped unique quality valid” 是指存储在 HiC-Pro 保存的 .allValidPairs 文件中的去重有效 PETs。
27510编辑于 2025-09-17 - 来自专栏生信修炼手册
HiCPlotter:Hi-C数据可视化工具
HiC-Pro专用格式 HiC-Pro为了解决传统的交互矩阵太大的问题，专门制定了一种新的格式，如下所示 1050 1586 1 1050 1589 1 1050 1590 对于HiC-Pro的输出格式，用法如下 python \ HiCPlotter.py \ -f matrix.txt \ -tri 1 \ -bed bin.bed \ -chr chr7 \ -o Example \ -r 40000 \ -n hES -tri 1声明输入的交互矩阵的格式是HiC-Pro的输出格式，-bed指定bin编号对应的染色质位置文件，其他参数和基本用法相同。
3.3K20发布于 2019-12-20 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
三维基因组：multiHiCcompare 差异分析
输入 multiHiCcompare 接受以稀疏上三角格式输入的 Hi-C 矩阵（原始值），这些矩阵可以从 .hic、.cool 和 HiC-Pro 文件中轻松获取。 /GSM3262956_D00_HiC_Rep1.hic "$chr" "$chr" BP 5000 > /home/HiC_Matrices/GSM3262956_D00_HiC_Rep1_"$chr "_NONE_5kb.txt straw NONE /home/HiC_Matrices/GSM3262957_D00_HiC_Rep2.hic "$chr" "$chr" BP 5000 > /home /HiC_Matrices/GSM3262957_D00_HiC_Rep2_"$chr"_NONE_5kb.txt straw NONE Matrices/GSM3262964_D15_HiC_Rep1 Matrices/GSM3262965_D15_HiC_Rep2.hic "$chr" "$chr" BP 5000 > /home/HiC_Matrices/GSM3262965_D15_HiC_Rep2
35510编辑于 2025-05-26 - 来自专栏AI智韵
YoloV8改进策略：复现HIC-YOLOv5，打造HIC-YOLOv8，用于小物体检测
摘要 HIC-YOLOv5主要贡献可以总结如下： 额外的预测头专为小物体设计。它在更高分辨率的特征图中检测物体，这些特征图包含更多关于微小和小物体的信息。 结果表明，HIC-YOLOv5在VisDrone-2019-DET数据集上的mAP@[.5:.95]提高了6.42%，mAP@0.5提高了9.38%。 我们参照HIC-YOLOv5，将这些改进用于YoloV8，效果如何呢？我们一起见证吧！ 总结 本文使用YoloV8复现了HIC-YOLOv5的改进，由于数据集中的物体并没有很多太小的！所以提升不明显！大家可以在自己的数据集上做尝试！
18910编辑于 2024-10-22 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
三维基因组（Hi-C）的原理以及应用
HiC技术实验原理 将三维基因组甲醛交联固定，用内切酶进行酶切，酶切完在末端加生物素进行末端修复，然后进行连接，连接后对去除蛋白并打断成小片段，用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。 ? (b)选择高质量的比对数据 (c)HiC特异的比对标准 (d)对Vaild pairs进行矫正。矫正完可以得到互作矩阵。 ? Ferhat Ay et al;2015 ? Bryan R. Bowtie2 Pre-truncation ✓ ✓ − − − Perl, R Hiclib [47] Bowtie2 Iterative ✓ a ✓ Matrix balancing ✓ − Python HiC-inspector [131] Bowtie − ✓ ✓ − ✓ − Perl, R HIPPIE [132] STAR ✓ b ✓ ✓ − − − Python, Perl, R HiC-Box [133] Bowtie2 − ✓ ✓ Matrix balancing ✓ − Python HiCdat [122] Subread −c ✓ ✓ Three options d ✓ − C++, R HiC-Pro [134
12.8K30发布于 2020-05-08 - 来自专栏YOLO大作战
YOLOv8改进：HIC-YOLOv8复现魔改HIC-YOLOv5，助力小目标检测（Small Object Detection）
本文独家改进：改进点：1）backbone加入CBAM；2）backbone、neck连接处加入involution注意力；3）添加一个针对小物体的额外预测头，提升小目标检测性能；HIC-YOLOv8 我们的结果表明，HIC-YOLOv5 在 VisDrone-2019-DET 数据集上将 mAP@[.5:.95] 提高了 6.42%，将 mAP@0.5 提高了 9.38%。 YOLOv8有3个检测头，能够多尺度对目标进行检测，但对微小目标检测可能存在检测能力不佳的现象，因此添加一个微小物体的检测头，能够大量涨点，map提升明显；2.HIC-YOLOv8复现2.1加入ultralytics
6.1K170编辑于 2023-11-06 - 来自专栏生信技能树
HiC数据辅组基因组组装之Lachesis
实战我首先介绍的是：HiC数据分析实战之Hic-pro 然后关于实验细节我推荐了资源：Hic建库测序实验流程视频讲解（附送福利资源） 现在插播一个学员投稿： Lachesis安装采坑全纪录 卖萌哥倾情奉献
4K30发布于 2018-09-21 - 来自专栏生信技能树
HiC数据分析实战之通过文章来了解流程
本来准备直接实战了，但是在看一些新的paper 时候发现我漏掉了hic技术应用的文章解读，我还是需要带领大家看看那些已经发表的好文章到底是如何处理hic数据的。 虽然本次我们讲解HiC，但事实上这个文章利用的各种数据比较多，包括： ? 我们关心的HiC数据 主要是4个HiC样本，如下： GSM2334835: Hi-C U266 MboI; Homo sapiens; OTHER GSM2334834: Hi-C U266 HindIII 看看数据处理的中间文件 我尝试下载了 HindIII_HiC_TAD_40kb.tar.gz 文件和HindIII_HiC_ice_matrix_500kb文件并且简单查看，如下: mkdir -p ~ /project/hic/data/myelom cd ~/project/hic/data/data/myelom wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/samples
3K20发布于 2018-08-06 - 来自专栏优雅R
「Workshop」第二十五期 HiC数据分析简介
Hic数据介绍及相关分析 1，什么是Hic数据？ Hi-C是研究染色质三维结构的一种方法。 3，目前的处理流程 图片27.png 4，分析主要工具 目前针对Hi-c数据处理的工具主要是Hic-pro和juicer 5，juicer的安装及使用 juicer由两部分组成：从原始数据到创建Hi-C mkdir HIC003; cd HIC003 mkdir fastq; cd fastq wget http://juicerawsmirror.s3.amazonaws.com/opt/juicer /work/HIC003/fastq/HIC003_S2_L001_R2_001.fastq.gz cd .. 和inter_30.hic文件，其中的inter_30.hic 是设置了 MAPQ threshold >30 后得到的结果。
4.8K21编辑于 2022-01-21 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
三维基因组: SELFISH 差异分析
Example 本文讨论的 SELFISH 的 Python 版本是一个命令行工具，可接受 .hic、. cool 和 HiC-Pro 矩阵作为输入。 SELFISH 的运行命令如下： selfish -f1 HiC_Rep1.hic -f2 HiC_Rep1.hic -ch chr2 -r 5kb -o SELFISH_chr2_5kb_D00vsD15 .tsv -t 0.05 在这里，-f1 和 -f2 是需要分析的矩阵，-ch 和 -r 是从 .hic 文件中提取的染色体和分辨率，-t 参数用于指定输出结果为制表符分隔文件，同时设置记录结果的 p
21100编辑于 2025-05-13 - 来自专栏生信技能树
Hic建库测序实验流程视频讲解（附送福利资源）
如果大家还记得我HIC第一讲：三维基因组学习笔记 里面提到： ?
1.5K20发布于 2018-08-16 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
Juicer: HiC数据分析与辅助基因组组装
导读 本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍，并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1. aligned aligned目录下存放的是最终结果，包含了可以导入juicebox的后缀为hic的图谱文件, inter.hic和inter_30.hic， 30表示通过MAPQ > 30进行过滤之后的结果
3.5K20编辑于 2023-02-27
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